如果太阳能热水器在运行中产生水垢，会严重地影响系统的运行效率和使用效果。水中溶解有各种盐类，如重碳酸盐、碳酸盐、硫酸盐、硫化物、硅酸盐等，其中所溶解的重碳酸盐Ca(HNO3)2、Mg(HCO3)2**不稳定，极容易分解成碳酸盐。因此，如果冷水中溶解的重碳酸盐较多，那么当集热系统升温后： Ca(HNO3)2CaCo3+H2O+CO2 重碳酸盐在碱性条件下也会发生如下反应： Ca(HNO3)2+2OH- CaCO3+2H2O+CO32- 如水中溶有适量的磷酸盐与钙离子时，也将产生磷酸钙和为沉淀: 2PO43-+3Ca2+—Ca3(PO4)2 上述一系列反应中生成的CaCO3和C3(PO4)2等，均属微溶液性盐，它们的溶解度比Ca(HNO3)2要小得多。同时，与一般的盐类不同，它们的溶解度不是随着温度的升高而增大，而是随着温度的升高而降低。在传热表面上，这些微溶性盐很容易达到过饱和状态，而从水中析出，尤其当水流速度小或传热面较粗糙时，这些结晶沉淀物就会沉淀在传热面上，形成了通常所称的水垢，常见的水垢组成：碳酸钙、硫酸钙、镁盐、硅酸盐。
1、 通常的除垢方法 控制结垢有缓解、消除结垢和除垢2种方法，前者是通过对液体的预处理消除结垢，后者是对已经产生的结垢进行清除。普通的除垢方法分化学方法方法和物理方法。化学除垢处理是采用化学药剂使太阳能热水器系统中的真空管、管道和其他设备中的水垢溶解、疏松、脱落、具体的方法有碱洗、酸洗、络合剂清洗、离子交换剂软化等。 化学除垢处理的药剂费用较高、而且，如果除垢处理不当会使设备和管道产生腐蚀，影响设备的使用寿命。另外，化学除垢剂用过后要进行处理，否则会造成环境污染。 物理除垢方法有高压水冲洗、胶球清洗、沙冲洗、气冲洗、超声波清洗等，这些物理方法都不适合于太阳热水系统的除垢。因为物理除垢通常要中断系统运行，拆除部分管道和设备，费工费时，有时会损坏管道和设备。
2、磁化除垢 磁化法水处理是使水流通过一个磁场，然后再流入管道或太阳能热水器系统，经过磁力线切割后，水中的钙镁盐类不能结垢或不能结成坚硬的水垢，而是形成微小的颗粒，随水流动。磁化除垢是通过磁化方式将已有的水垢清除的过程。磁化除垢的机理有两个方面：一方面是在磁力作用下，水垢晶体发生极化，降低了水垢的稳定性，使得水垢被不断地溶解，被水流冲走;另一方面，流经磁化处理器的水的pH值减少了，这说明磁化增加了CO2在水中的溶解度，抑制了CaCO3、Mg(HO)2新垢的形成，并溶解了已有的水垢。
